在污水处理中的使用有利微生物菌群处理废水机理是：EM菌群中既有分化性细菌，又有组成性细菌，即有好氧菌，又有厌氧菌和兼性菌。作为多种细菌共存的一种生物体，激活后的有利微生物菌群经过驯化在污水中迅速生长繁衍，能快速分化污水中的有机物。
同时依托相互间共生增殖及协同作用，代谢出抗氧化物质，构成稳定而复杂的生态系统，按捺有害微生物的生长繁衍，按捺含硫、氮等恶臭物质发生的臭味，激活水中具有净化水功用的原生动物、微生物及水生植物，经过这些生物的归纳效应从而达到净化水的目的。
微生物垃圾除臭剂能有用去除硫化氢、氨气等恶臭气体，还能降低污水中COD和氨氮的含量，增强污水的净化速度，对人体和动植物无副作用，对环境不会发生污染。垃圾除臭剂含有多种分化才干强的菌株，各个菌株之间存在共生联系，构成一个功用团体，有利微生物有用按捺溃烂菌的溃烂分化而转向发酵分化，发生的有机酸类物质能对N、S氧化物进行降解（分化）吸收和固定。
恶臭是废物、粪便、污水等污染物中含有的乙醇、硫醇、硫醚、酚、甲酚、吲哚、脂肪酸、乙醛、酮、二硫化碳、氨和胺等物质发出出来的。恶臭物质的生物降解是该进程的限速阶段，可见微生物处于生物脱臭的中心地位。
微生物消化吸收恶臭物质后发生的代谢物在作为其他微生物的养料，继续吸收消化，如此循环使恶臭物质逐步降解。真菌生长速度快，构成的菌丝网可有效增大与气体的触摸面积，适用于难溶性臭气。这些物质恰恰可以被特定的微生物作为养分来历，微生物在汲取这些物质后，经自身的物理化学作用，将它们分化转化为无臭物质。
垃圾除臭剂采用的植物提取技术，在多种植物的根、茎、叶和花果中提取有效成份，在射线作用下产生的作用力，提高植物液活性，能与各种有害、异味分子迅速发生聚合、取代、置换、吸附等化学反应。是有效去除硫化氢、甲烷、甲硫醇、氨气及其他挥发性有机物（VOC）等恶臭气体净化。
