在污水处理中，具有良好的生物菌群的污水处理机理是，在EM菌群中不仅存在着分化菌，而且还含有构成菌群，即好氧菌群、厌氧菌群和功能菌群，即好氧菌群、厌氧菌群和功能菌群。活化菌群作为一种多种细菌共存的有机体，经驯化后能在污水中迅速生长繁殖，并能快速区分污水中的有机物。
同时又依赖于它们之间的共生、增殖和协同作用。代谢抗氧化剂，形成稳定复杂的生态系统，抑制有害微生物的生长繁殖，抑制硫、氮等恶臭物质的恶臭。激活具有净水功能的原生动物、微生物和水生植物，通过这些生物的诱导作用达到净水的目的。
生物垃圾除臭剂能去除硫化氢、氨等恶臭气体，降低污水中的COD和氨氮含量，提高污水的净化率，对人体、动植物无副作用，不会对环境造成污染。微生物除臭剂含有多种分化能力强的菌株，各菌株之间存在共生关系，形成一个功能基团，有利于微生物抑制溃疡病菌的溃烂分化，向发酵分化转化。
有机酸的存在可以降解(区分)、吸收和固定N和S氧化物。气味来自废物，粪便和污水等污染物中的乙醇，硫醇，硫醚，苯酚，甲酚，肼，脂肪酸，乙醛，酮，二硫化碳，氨和胺等物质。恶臭物质的生物降解是该过程的限速阶段，可以看出微生物处于生物除臭的中心。
微生物消化和吸收恶臭物质后发生的代谢物，继续吸收和消化作为其他微生物的营养物质，并且循环导致恶臭物质逐渐降解。真菌的生长速度快，构造的过滤网可有效增加与气体的接触面积，适用于难溶性气味。这些物质可以通过特定的微生物用作营养素。在提取这些物质后，微生物可以通过它们自身的物理和化学作用将它们分化成无味物质。
