微生物是利用优化选取含有各种自然界中的高浓度、高活性的有效微生物菌群。这些生物菌能抑制垃圾中致臭微生物的生化活动，并利用某些臭味物作为自身的营养，有效地降低了垃圾腐烂速度及其所发臭气的恶臭程度。
在实际使用中，用较简单的装置有效微生物菌的溶液淋洒在垃圾的表面，降低垃圾的腐烂速度和程度，达到除臭效果。垃圾中转站除臭经过此方法处理后的垃圾，含有大量微生物的溶液会进入垃圾挤压渗漏液中，不仅可以消除挤压液的臭味，而且可降低垃圾渗漏液中BOD、COD的浓度，清除压缩站渗漏液排放渠道中的臭气，同时，溶液直接地淋洒在垃圾的表面，会降低灰尘挥发，也有利于改善中转站室内的空气质量。
